| No/分岐点 | 名前 | ||
| 第１部 開始 | |||
| プロローグ | プロローグ | ||
| 第１話 | ビギニング | ||
| 第２話 | エンカウンター | ||
| 第３話 | I AM PROVIDENCE | ||
| 第４話 | 舞い降りた翼 | ||
| 第５話 | 伝説の忍者 | ||
| 第６話 | クロガネと少年と正義の味方 | ||
| 分岐 | 宇宙ルート | 地上ルート | |
| 忍者戦士系 | ラインバレル系 | ||
| マジンカイザーSKL(ウィングル) | SDガンダム三国伝系 | ||
| - | マジンカイザーSKL(ウィングル) | ||
| 第７話 | The Trailblazer | 正義の代償 | |
| 第８話 | オン・ユア・ドリーム | 明日への道標 | |
| 合流 | 宇宙ルート加入メンバー | 地上ルート加入メンバー | |
| ダブルオーライザー(刹那) | ラインバレル(浩一) | ||
| ガンダムデュナメスリペア(ロックオン) | ディスィーブ(シズナ/イズナ) | ||
| プトレマイオス２改(スメラギ) | - | ||
| R-ダイガン(エイーダ) | - | ||
| 第９話 | Death caprice | ||
| 第１０話 | 神謀、大地を駆ける | ||
| 第１１話 | 招かれざる者 | ||
| 第１２話 | ホウジョウの王 | ||
| 第１３話 | 約束-ちかい- | ||
| 分岐 | アメリカ | 日本 | ヨーロッパ |
| リーンの翼系 | 忍者戦士系 | バーチャロン系 | |
| ガンダムOO系 | ラインバレル系 | マジンカイザーSKL系 | |
| ファフナー系 | ファフナー系 | SDガンダム三国伝系 | |
| ガンダムSEED系 | SDガンダム三国伝系 | ガンダムSEED系 | |
| ダンクーガノヴァ系 | ガンダムSEED系 | ダンクーガノヴァ系 | |
| - | ダンクーガノヴァ系 | - | |
| 第１４話 | I.ROBOT | 黒の執行者 | Search-and-kill |
| 第１５話 | THE INVADERS | 決別-ともだち- | オペレーション・オーバーロード |
| 第１６話 | アライブ | 歩みよる魂 | 決別-ともだち- |
| 第１７話 | 決別-ともだち- | とけゆく時間 | ハート・オブ・ディーヴァ |
| 合流 | アメリカ加入メンバー | 日本加入メンバー | ヨーロッパ加入メンバー |
| デモンべイン(九郎) | タリスマン(宗美) | - | |
| ヒーローマン | マークドライ(咲良) | - | |
| 曹操ガンダム(曹操) | マークアハト(剣司) | - | |
| ビルバイン(ショウ) | マークフュンフ(衛) | - | |
| ダンバイン(マーベル) | - | - | |
| マークドライ(咲良) | - | - | |
| マークアハト(剣司) | - | - | |
| マークフュンフ(衛) | - | - |
| 分岐 | アメリカ・日本合流ルート | ヨーロッパ単独ルート | |
| 第１８話 | 流れる血、失うは涙 | 流れる血、失うは涙 | |
| 第１９話 | 黄昏の断罪 | 黄昏の断罪 | |
| 第２０話 | 分解-すれちがい- | 分解-すれちがい- | |
| 第２１話 | 朋友-おかえり- | ||
| 第２２話 | SUPER NOVA | ||
| 第１部 完結 | |||
| 第２部 開始 | |||
| 第２３話 | 虚空歌姫～イツワリノウタヒメ～ | ||
| 第２４話 | A wakening | ||
| 第２５話 | 生命-めざめ- | ||
| 第２６話 | THE SHADOW OVER INNSMOUTH | ||
| 分岐 | この艦に同行しているルート | バイストンウェルに飛ばされたルート | |
| 忍者戦士系 | ダンバイン系 | ||
| ガンダムSEED系 | リーンの翼系 | ||
| ダンクーガノヴァ系 | ファフナー系 | ||
| バーチャロン系 | ガンダムOO系 | ||
| ラインバレル系 | デモンべイン系 | ||
| マクロス系 | ガンダム三国伝系 | ||
| HEROMAN系 | マジンカイザーSKL系 | ||
| 第２７話 | キエルイタミ | 地上人のオーラ力 | |
| 第２８話 | 束の間の出会い | 王の奸計 | |
| 合流 | 艦同行ルート加入メンバー | バイストンウェルルート加入メンバー | |
| ペインキラー(美海) | ギム・ゲネン(アマルガン) | ||
| - | ギム・ゲネン(キキ) | ||
| - | ギム・ゲネン(へべ) | ||
| - | ビルバイン(夜間迷彩)【隠し機体】 | ||
| - | ギム・ゲネン(リュクス)【隠し機体】 | ||
| - | アッカナナジン(エイサップ) | ||
| 第２９話 | 燈灯-ともしび- | ||
| 第３０話 | 大いなる胎動 | ||
| 第３１話 | Final Count | ||
| 第３２話 | BIG“C” | ||
| 分岐 | バジュラ掃討作戦ルート | アーカムシティールート | |
| ラインバレル系 | 忍者戦士系 | ||
| リーンの翼系 | ダンバイン系 | ||
| ガンダムSEED系 | ファフナー系 | ||
| ガンダムOO系 | デモンべイン系 | ||
| ダンクーガノヴァ系 | ガンダム三国伝系 | ||
| バーチャロン系 | マジンカイザーSKL系 | ||
| マクロス系 | HEROMAN系 | ||
| 第３３話 | 対話の刻 | THE CROW | |
| 第３４話 | 始まりへの加速 | ||
| 第３５話 | 選択-けつい- | ||
| 分岐 | 曹操ルート | 孫権ルート | |
| 第３６話 | 天に選ばれし覇者 | 天に挑みし勇者 | |
| 第３７話 | 命あるもの | ||
| 第３８話 | 防人たち | ||
| 第３９話 | 蒼穹-そら- | ||
| 第４０話 | 桜花嵐 | ||
| 第２部 完結 | |||
| 第３部 開始 | |||
| 第４１話 | 再来-みさお- | ||
| 分岐 | ユニオンルート | 竜宮島ルート | |
| ダンバイン系 | ファフナー系 | ||
| リーンの翼系 | ガンダムSEED系 | ||
| 忍者戦士系 | ガンダムOO系 | ||
| デモンべイン系 | ラインバレル系 | ||
| ダンクーガノヴァ系 | SDガンダム三国伝系 | ||
| バーチャロン系 | - | ||
| マクロス系 | - | ||
| HEROMAN系 | - | ||
| マジンカイザーSKL系 | - | ||
| 第４２話 | リザレクション | 龍の輝き | |
| 第４３話 | THE RETURN OF THE SORCERER | 特異点 | |
| 合流 | ユニオンルート加入メンバー | 竜宮島ルート加入メンバー | |
| 強化アーマーヒーローマン | 翔烈帝 龍装 劉備ガンダム | ||
| デモンべイン(シャンタク) | - | ||
| 第４４話 | フェイス | ||
| 第４５話 | ユダ | ||
| 第４６話 | 麗しのディストピア | ||
| 第４７話 | HEAVEN AND EARTH | ||
| 第４８話 | 来るべき対話 | ||
| 第４９話 | 侵略の終焉 | ||
| 第５０話 | 恋離飛翼～サヨナラノツバサ～ | ||
| 第５１話 | STRANGE EONS | ||
| 最終話 | 命の始まり | ||